Ergo Proxy
Handlung:
Vincent Law ist bei seiner Jagd nach den infizierten Andoriden wenig erfolgreich, erhofft sich dennoch den Status eines Mitbürgers zu erarbeiten. Im Hauptquartier der Organisation trifft er auf Re-l Mayer, einer Kommissarin des Geheimdienstes. Vincent begleitet sie bei der Suche nach einem entflohenen Autoriev und fühlt sich dabei zu ihr hingezogen, ist aber von ihrem starken Charakter zu sehr überwältigt, als dass er versuchen würde ihr näher zu kommen.
Es kommt zu mehreren Zwischenfällen, bei denen Re-l mit Proxies zusammen stößt, ihr aber verboten wird weitere Nachforschungen anzustellen. Als schließlich auch Vincent von einem Proxy angegriffen wird, versucht er aus der Stadt zu entfliehen und trifft dabei auf Pino, die er zuvor noch auf Cogito überprüft hatte. Pino ist zu diesem Zeitpunkt bereits infiziert und begleitet ihn auf der Flucht. Bei dem Versuch der Sicherheitsbehörde Vincent festzunehmen, wird er durch eine Luftschleuse zusammen mit Pino in die Außenwelt gezogen.
In dieser Außenwelt ist ein Mensch im Normalfall nicht überlebensfähig, aber da er ein Proxy ist, gewöhnt er sich innerhalb kurzer Zeit an die Außenbedingungen, wie auch einige bereits in der Außenwelt lebende Menschen, die ihn zusammen mit Pino aufnehmen. Re-l versucht in dieser Zeit mehr über die Proxy herauszufinden und trifft bei ihrem Jugendfreund Daedalus Yumeno (デダルス・ユメノ), der als Wissenschaftler arbeitet, auf ungewöhnliche Informationen die Vincent betreffen. Wissend, dass sie von ihrem Großvater, dem Diktator der Stadt, überwacht wird, versucht sie Vincent wieder zurück in die Stadt zu bringen. Bei diesen Versuch wird Re-ls Schutzanzug beschädigt und sie setzt sich der tötlichen Atmosphäre in der Außenwelt aus. Sie fällt in einen Tiefschlaf und würde sterben, wenn sie nicht schnell nach Romdeau zurück gebracht wird.
Vincent beschließt, das zu tun und täuscht vor freiwillig nach Romdeau zurückzukehren. Während die Aufmerksamkeit der Wachposten von Romdeau auf Re-ls Luftschiff liegt, flieht Vincent auf einem Windboot (ein Segelboot das auf Wind angewiesen ist, aber gleitet statt zu schwimmen) mit einigen Siedlungsbewohnern und Pino in Richtung Moskau – seiner Heimatstadt. Dort will er herausfinden, wer er eigentlich ist. In ihm schleicht sich der für ihn fürchterliche Verdacht hoch, er habe etwas mit dem Proxy, der immer auftaucht wenn er in der Nähe ist, zu tun. Schon früh auf der Reise sterben alle bis auf ihn und Pino. Die von Daedalus wieder geheilte und nun durch die Behandlung gegen die Außenwelt immune Re-l, reist ihm daraufhin hinterher.
Auf dieser Reise, die beide nach einigen Zwischenfällen, zusammen mit Pino fortsetzen, findet Re-l als auch Vincent selbst heraus, dass er ein Proxy ist. Nun versuchen beide hinter das Geheimnis der Proxy zu kommen, denn selbst wenn Vincent sich in einen Proxy verwandelt, scheint er ihr nichts anhaben zu wollen.